医疗传教是西方在台湾传教的重要方式之一，第一位踏上台湾土地的英国医疗传教士是马雅各（James L.
Maxwell），1865年5月28日由打狗登陆，成为英国长老教会第一位派驻台湾的海外宣教师。1860年，苏格兰籍的马雅各毕业于英国爱丁堡大学医科，之后前往德国及法国深造，回国后任职于英国伯明罕医院。1860年英国长老教会在杜嘉德牧师（Douglas Carstairs）建议下，将台湾列入医疗传道的宣教区，安排医师背景的宣教士前往。马雅各辞去伯明罕的优沃薪水，自愿前往福尔摩沙（台湾）。1863年抵达上海英国租界，再赴厦门。1864年马雅各先行前往台湾考察。
1865年正式以基督长老教会传教士与医生双重身分前往台湾，1865年6月16日选择在台南府城看西街租屋开始传道医病（6月16日成为英国长老教会在台湾开始设教的日子，并为全台纪念日）。传道方式则是行医为主，传教为辅，
但是由于东西方习俗之不同，以及当时台湾人对于西方医术的误解，“仇教者肆为蜚语以排挤之”，谣传马雅各“取人心，挖眼睛，吊人疤”用来制作鸦片药品，群众愤慨。1865年7月9日星期日，一位汉人 (布道助手陈子路) 在礼拜堂传讲时，忽然有人领了一大群愤怒的群众，围住礼拜堂与医馆，并且丢击石头。房子遭到拆屋攻击损坏，发生流血事件。官府未加以制止，反而劝他们退往英国领事馆保护的旗后地区工作。马雅各的医馆只得在开医后23 天关闭。
马雅各只好转往有英国领事馆保护的打狗旗后街（今高雄旗津附近）行医后才受到该地人士欢迎。11月由英国商人必麒麟(William A. Pickering)带领马雅各医师进入旗山附近的木栅、拔马和台南附近的玉井、左镇、岗仔林等平埔族地区传教而大受欢迎，并设立教会。
根据医务报告，眼疾与疟疾是当时台湾南部最棘手的疾病，马雅各医师看诊的项目上，亦以眼疾比例最高。为了传教所需，此类诊疗都公开展示给家属及旁观者观看，以显示上帝的神迹。一旁的家属，从未看过西医的治疗，都神情紧张，有的人更祈求神明保佑，心里盘算着如果能因此重见光明，或许真该来改信这个西洋神。
在马雅各的病人中，当时所说的 ”肠塌” 疾病，可能是普通的肠胃炎外，或者是当时台湾常见的赤痢，甚至是霍乱。在1864-1866 年伦敦发生霍乱时，可能是因为与英国通商、通航而带来了病源，台湾打狗地区在1865年9月也紧跟者霍乱流行。虽然已无当时的病历资料和正式的治疗纪录可查，对于那些早期台湾常见的感染性疾病，马雅各的医疗知识应该并不管用。当年在伦敦发生霍乱时，马雅各的祖国 (英国) 的医师们面对疾病的流行时说：“霍乱是外邦的、不可知而且诡异的，它造成无与伦比的伤亡，引人惊惧，却大多无法解释....”。也只能眼睁睁的看病人大量脱水、休克死亡。1865年代不仅外科技术有待加强，内科医学的内容也大半只是替病人解释病程，预测可能的伤害，治疗的重点及效益在于抚慰人心。过多的处理，反而是自作聪明，害大于益。因此，马雅各面对这类的病人，顶多也是执子之手，安抚惊惧的病人和家属而已。
1868年马雅各医师又将传教中心自打狗还回台南府城，在二老口亭仔脚街开设教会和医馆（也就是后来俗称的“旧楼”医院），积极在此进行医疗传道。
1900年，“旧楼”的租屋处归还给屋主，医馆搬到新建造的建筑，取名叫新楼医院。该医院为台湾首座西式医院。马雅各的次子马雅各二世，在此医院终生行医。1921年马雅各过世，遗有二子，皆为医生，除次子继承父志来台外，长子在中国永春行医。